Τι εννοείς και τα δύο μαζί;
Αν εννοείς δυο servers (αν και δεν νομίζω οτι αυτό είναι που εννοείς) μην το κάνεις. Είναι μπέρδεμα. Απεγκατέστησε τον έναν.
Αν εννοείς να "τρέχεις" και apache και php μαζί, δεν χρειάζεται να κάνεις τίποτα.
Απλώς πρέπει να σιγουρευτείς οτι τα services "σηκώνονται" όταν ξεκινάει το σύστημά σου.
Απο κει και πέρα, εσύ δημιουργείς μια ιστοσελίδα με το πρόγραμμα της αρεσκείας σου (text editor, php framework, code editor κ.λ.π. κ.λ.π.)
γράφεις ότι είναι να γράψεις και το αποθηκεύεις με κατάληξη .php στο site folder που θέλεις.
Οταν ανοίξεις τον browser και γράψεις στο address bar το path για την ιστοσελίδα σου ( π.χ.
http://localhost/mysite/mytest.php), ο Apache θα καταλάβει οτι πρόκειται για σελίδα που περιέχει php και θα "καλέσει" μόνος του την php. Η php με τη σειρά της θα καλέσει την MySQL άν χρειαστεί.
Το πως ακριβώς γίνεται αυτό άστο για αργότερα, όταν θα έχεις εμπεδώσει ορισμένα πράγματα, ώστε να μην μπλεχτείς.
Κάτι που πρέπει να προσέξεις και πιθανώς να σου δημιουργήσει προβληματάκια, είναι πως όταν έχεις δύο ή περισσότερα αρχεία index σε ένα folder (index.html, index.php, index.asp κ.λ.π.) ο Apache θα σου δείξει τα αρχεία σύμφωνα με την ρύθμιση προτεραιότητας που έχει στο αρχείο http.conf
<IfModule dir_module>
DirectoryIndex index.html index.php
</IfModule>
Απο προεπιλογή σου δείχνει πρώτα την html σελίδα.
Ισως να έπεσες σε αυτή την περίπτωση.
Οπότε είτε δημιουργείς ένα νέο folder όπου βάζει μόνο το index.php είτε διαγράφεις οποιοδήποτε άλλο index file.