To μόνο που χωρίζει τον άσχετο από τον σχετικό είναι οι ώρες πτήσεις...
Το να γράψεις ένα πολυσέλιδο κείμενο (50+ σελίδες) είναι μια διαδικασία που απαιτεί να αφιερώσεις χρόνο για να μάθεις να χρησιμοποιείς τα εργαλεία σου και τους περιορισμούς τους. Είτε το εργαλείο σου το λένε Word, Writer ή LaTeX θα χρειαστεί να ρίξεις κάποιο διάβασμα αν θες να πιάσεις κάποια minimum ποιότητας στην παρουσίαση. Αν δεν το κάνεις απλά θα ταλαιπωρείς τον εαυτό σου (κυρίως) και πιθανά τους αναγνώστες σου.
To LaTeX, σε σχέση με τις αλλες εναλλακτικές, σε γενικές γραμμές θέλει να αφιερώσεις αρχικά περισσότερο χρόνο και ιδίως για πολύ σύντομα κείμενα (<5 σελίδων) μπορεί να φαίνεται υπερβολή. O λόγος είναι ότι σε ενα κλασσικό επεξεργαστή κειμένου, ξεκινάς κατευθείαν και γράφεις, ενώ εδώ πρέπει να διαβάσεις λίγο πρώτα.... Όσο όμως ο αριθμός των σελίδων αυξάνεται, τόσο το LaTeX δείχνει τα δόντια του

. Πολύ απλά, το αποτέλεσμα είναι ποιοτικά ανώτερο και μπορείς να κάνεις περισσότερα πράγματα, συχνά δε, πολύ πιο εύκολα από ότι πχ στο word (πίνακες περιεχομένων, indexes, cross-references, τοποθέτηση πινάκων/εικόνων, βιβλιογραφία για να αναφέρω μερικά).
Το Lyx είναι ουσιαστικά ένας wrapper του LaTeX. Χρησιμοποιεί το LaTeX από πίσω αλλά όσο πιο σύνθετο γίνεται αυτό που θέλεις να κάνεις τόσο νομίζω ότι σε περιορίζει. Η έκδοση 2 είναι πολύ καλύτερη από τη σειρά 1, αλλά προσωπικά νομίζω ότι αν θες να γράψεις πχ μια διπλωματική, είναι καλύτερα να πας σε σκέτο LaTeX. Ο λόγος που η υποστήριξη των ελληνικών και των αντίστοιχων γλωσσών δεν είναι τόσο καλή είναι γιατί οι developers είναι αγγλόφωνοι κατά κύριο λόγο. Μην ξεχνάς ότι στις χώρες που χρησιμοποιούν το λατινικό αλφάβητο το πρόβλημα δεν είναι τόσο έντονο. Το sorting γίνεται (σχεδόν) κανονικά και οι κανόνες συλλαβισμού μοιάζουν μεταξύ τους. Για τα ελληνικά δε μπορεί να γίνει αυτό. Επίσης αυτοί που χρησιμοποιούν LaTeX στην Ελλάδα είναι πραγματικά λίγοι. Με εξαίρεση κάποιες σχολές (Μαθηματικό - Φυσικό κυρίως) δεν το ξέρει πρακτικά κανείς σε προπτυχιακό επίπεδο. Εκτός ακαδημαϊκών κύκλων δεν το συζητάμε καν.
Για να ξεκινήσεις κάποιος με σκέτο LaTeX δε χρειάζεται πολύ. Ας πούμε ένα χαλαρό απόγευμα. Τα δύο πρώτα κεφάλαια του
lshort αρκούν. Επειδή δεν καλύπτει το σύγχρονο τρόπο για να γράφεις ελληνικά μπορεί κάποιος να δει
εδώ. Ειλικρινά αυτό είναι το πιο δύσκολο κομμάτι του LaTeX. Για όλα τα άλλα υπάρχει το google

Εγώ θα σου πρότεινα, αν έχεις το χρόνο και τη διάθεση να του ρίξεις ένα μάτι. Πιο ψυχολογικό είναι το handicap παρά οτιδήποτε άλλο.
Σχετικά με το πρόβλημα σου τώρα. Μπορείς να ανεβάσεις κάπου τα αρχεία tex που παράγει το LyX (μπορεί να χρειάζεται να τα κάνεις export)? Για να μην ανεβάζεις ολόκληρο το κείμενο σου, φτιάξε ένα μικρό παράδειγμα κειμένου με μερικά references στη βιβλιογραφία. Αν γίνεται ανέβασε και το αρχείο bib, αφού διορθώσεις τα ελληνικά entries (με το χέρι γιατί μάλλον αυτό το βήμα δεν το γλύτωνεις).