Η διαφορά είναι λεπτή.
Λέγοντας GNOME 3 εννοούμε ένα σύνολο εφαρμογών που μαζί μας δίνουν ένα περιβάλλον εργασίας.
Η γραφική διεπαφή χρήστη (GUI) του GNOME 3 είναι το GNOME Shell. To Unity και το Mate δεν αποτελούν κομμάτι του περιβάλλοντος GNOME 3, όπως αποτελούν άλλες εφαρμογές του γενικού περιβάλλοντος εργασίας του Ubuntu, όπως το System Settings, ο Gedit, το Gparted κ.α.
To ότι το Ubuntu χρησιμοποιεί το Unity μαζί με εργαλεία του GNOME 3 δεν σημαίνει πως το Unity είναι κομμάτι του GNOME 3. Eίναι ανεξάρτητα. Σε αντίθεση με το GNOME 3 και το GNOME Shell που είναι συνδεδεμένα άμεσα.
Είναι σαν να κάνεις εγκατάσταση του Unity στο Kubuntu, παρόλο που θα μπορείς να χρησιμοποιείς στο γενικό περιβάλλον εργασίας εφαρμογές όπως το Kate και άλλες, αυτό δεν κάνει το Unity κομμάτι του KDE.
Όπως και να χει, η λεπτομέρεια που επισήμανε ο sotos21 είναι σωστή, λέγοντας GNOME 3 εννοούμε το σύνολο εφαρμογών του GNOME Project, λέγοντας GNOME-Shell εννοούμε το γραφικό του περιβάλλον συγκεκριμένα (όπου και εμφανίζεται το πρόβλημα του νήματος), που είναι μία από αυτές της εφαρμογές.



