Πολλά πράγματα μπορεί να ευθύνονται για αυτό:
1. Δεν έχεις setάρει σωστά τον client σου στα windows.
2. Δεν έχεις setάρει σωστά το router σου στα windows.
3. Έχεις κάποιο firewall στα Windows που το scanning του κάνει το download πιο αργό.
4. Είναι η ιδέα σου. 
5. Ο client των Windows δεν είναι τόσο καλός όσο αυτό που έχεις στο linux.
6. Κατεβάζεις torrent που δεν είναι τόσο καλά seeded όταν είσαι στα windows από ότι όταν είσαι στο linux.
Γενικα είναι αρκετά ανοιχτό όπως το παρουσιάζεις το ερώτημα. Για να το ερευνήσεις λίγο παραπάνω δοκίμασε να κατεβάσεις _το_ίδιο_ torrent με πολλά σταθερά seeds ( λχ. κάποια έκδοση linux ) και στα 2 λειτουργικά και μετά να δεις αν έχεις ουσιαστικές διαφορές. (Προφανώς δε θα βλέπεις youtube όση ώρα κάνεις το test.)
Θεωρώντας ότι λογικά δεν είναι θέμα router ή firewall, "λογικά" είναι θέμα client και πόσες συνδέσεις μπορεί να κάνει/διατηρήσει. Και εγώ είχα παρατηρήσει κάποιες διαφορές μεταξύ του δικού μου pc και της κοπέλας μου (Ubuntu vs. Win 7) ως αφορά τη μέγιστη ταχύτητα download και όταν άλλαξα client (έβαλα ktorrent αντί για bittornado) οι διαφορές ελαχιστοποιήθηκαν.
Γνώσεις ⇛ Linux: Συμπαθητικές ┃ Προγραμματισμός: Συμπαθητικότερες ┃ Αγγλικά: Αστέρι
Λειτουργικό ⇛ Ubuntu 10.04 32bit σε HP nw9440 ┃ Ubuntu 10.04 32bit σε Toshiba Satellite U400┃ SLED 11 64bit σε Dell OptiPlex 780