Περίεργο πρόβλημα με Perl και CGI - τα φώτα σας!

[pmav99]

Off topic:
Το bitbucket σου δίνει δωρεάν και 5 κλειστά αποθετήρια. Είναι για mercurial όμως. Για git δες εδώ. Από εκεί και πέρα what-ever suits you.

[gravitalsun]

Αν θέλεις evolgen καμιά βοήθεια στο κώδικα π.χ. να γίνει ακόμα πιο γρήγορος πές μου .
Έχω μεγάλη πείρα σε πολύπλοκες δομές δεδομενων με τη Perl .

[evolgen]

Οκ, αν χρειαστώ κάτι θα ρωτήσω! Η αργή ταχύτητα του προγράμματος οφείλεται κατά 90% στο εξωτερικό πρόγραμμα που καλεί. Ευχαριστώ πολύ πάντως!

[gravitalsun]

Το εξωτερικό πρόγραμμα δεν είναι δικό σου ;

[evolgen]

Το εξωτερικό πρόγραμμα δεν είναι δικό σου ;

Το πρόγραμμα τρέχει μέσω browser. Παίρνει λοιπόν μια αλληλουχία που βάζει ο χρήστης σε κουτί html και καλεί ένα δεύτερο πρόγραμμα -ήδη υπάρχον και πασίγνωστο στη Βιοπληροφορική- με κάποιες παραμέτρους για να αναλύσει την αλληλουχία.

Ουσιαστικά το πρόγραμμά μου αυτό που κάνει είναι να φιλτράρει τα αποτελέσματα του άλλου προγράμματος για να ερευνήσει για την εμφάνιση ενός συγκεκριμένου βιολογικού φαινομένου, κάτι που ως σήμερα γίνεται χειροκίνητα μόνο. Το 90% της δουλειάς το κάνει το άλλο πρόγραμμα, ωστόσο με τις παραμέτρους που του παρέχω εγώ. Δεν είναι κάτι τελείως απλό, όπως ακούγεται και η δουλειά του προγράμματός μου δεν είναι αμελητέα μπροστά στο άλλο. Το άλλο παράγει τα δεδομένα και εγώ τα διαχειρίζομαι με συγκεκριμένο τρόπο. Ουσιαστικά είναι μια αυτοματοποίηση της διαδικασίας που κάνουν χειροκίνητα αρκετοί βιολόγοι που ερευνούν το συγκεκριμένο βιολογικό φαινόμενο. Για ευνόητους λόγους δε θα ήθελα να πω περισσότερα...

Όσο για την άδεια χρήσης του άλλου προγράμματος, είναι GPL Public Domain και υπάρχουν πολλά έτοιμα modules της Perl για την ενσωμάτωση σε προγράμματα, σαν το δικό μου.

[gravitalsun]

κατάλαβα , πριν λίγο καιρό στο alt.comp.perl που απαντάω πότε πότε , βοήθησα ένα βιολόγο από τη χαβάη να "βαθμολογεί" και να ανιχνεύει κάποιες αλληλουχίες χαρακτήρων .