GDL+ULYSS (ubuntu 12.04)

[Tilemachos]

Καλημέρα σε όλους.
Έχω εγκαταστήσει σε ubuntu 12.04 τη GDL (http://gnudatalanguage.sourceforge.net/) που είναι η open source έκδοση της IDL (http://www.exelisvis.com/).
Τώρα προσπαθώ να εγκαταστήσω αυτό το πακέτο που είναι για ανάλυση φασμάτων (http://ulyss.univ-lyon1.fr/).
Λοιπόν στο παραπάνω site λέει κατεβάστε το, κάντε αποσυμπίεση και μετά τρέξτε μέσα στο κεντρικό φάκελο "make install"

Οπότε τρέχω cd /home/machos/ulyss
και μετά make install

Δείχνει ότι πάει να ξεκινήσει, αλλά μου βγάζει το εξής:

checking for idl/gdl... no
configure: error:

Και βγάζει tips:

- Use command "which idl/gdl" or "locate idl/gdl" to find where is idl (μου βγάζει: /usr/bin/gdl)
-When you know the path, do: env PATH="/usr/lib/lightdm/lightdm:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:<path_to_idl> " ./configure

Δεν είμαι σίγουρος για την τελευταία σειρά, δοκίμασα διάφορα αλλά δεν... Κάποιος λίγη βοήθεια, έχω φάει πολλεεεεες ώρες.

[simosx]

Είναι σημαντικό να δώσεις τα πλήρη αποτελέσματα των εντολών.
Πράγματι,
1. Εγκαθιστάς το πακέτο gnudatalanguage για να μπει ο μεταγλωττιστής IDL.
2. Λαμβάνεις το ULyss από http://ulyss.univ-lyon1.fr/download.html και αποσυμπιέζεις.
3. Εκτελείς make install και βγάζει

Κώδικας: Επιλογή όλων

$ make install
./configure
starting configuration for ULySS version 1.1
with options.. /tmp/ulyss/share/config.site /tmp/ulyss/etc/config.site
checking for idl... no
configure: error:
-------------------------------------------------------------------------------
ULYSS: IDL is required
May it be that idl is not on the current search PATH?
Check you path environment variable, and alter it if necessary...
Tips:
- Use the command 'which idl' or 'locate idl' to find where is idl
- When you know the path, do: env PATH="/home/user/bin:/usr/lib/lightdm/lightdm:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/local/games:/usr/local/bin:/usr/local/ssl/bin:/usr/local/samba/bin:/usr/local/java/bin:/usr/games:/home/user/bin:<path_to_idl>" ./configure
-------------------------------------------------------------------------------

make: *** [pgm/uly_startup.pro] Error 1


Ανοίγεις το αρχείο configure.in με το κειμενογράφο, και αφαιρείς το κομμάτι που λέει

Κώδικας: Επιλογή όλων


test -z "$IDL" && AC_MSG_ERROR([[
-------------------------------------------------------------------------------
ULYSS: IDL is required
May it be that idl is not on the current search PATH?
Check you path environment variable, and alter it if necessary...
Tips:
- Use the command 'which idl' or 'locate idl' to find where is idl
- When you know the path, do: env PATH="${PATH}:<path_to_idl>" ./configure
-------------------------------------------------------------------------------
]])


Για παράξενο λόγο, το αρχείο απαιτεί το IDL ενώ θα έπρεπε να επιτρέψει να τρέξει και με το GDL.

Μετά, πάλι

Κώδικας: Επιλογή όλων


make install

και βγάζει

Κώδικας: Επιλογή όλων

autoconf # create/update 'configure'
./configure
starting configuration for ULySS version 1.1
with options.. none
checking for idl... no
checking for gdl... /usr/bin/gdl
checking checking for GDL.pro... no
checking checking for GDLfsc_color.pro... no
checking checking for error_message.pro... no
checking checking for fsc_color.pro... no
checking checking for histoplot.pro... no
checking checking for mpfit.pro... no
checking checking for pickcolorname.pro... no
checking checking for pro2html.pro... no
checking checking for range.pro... no
configure:
-------------------------------------------------------------------------------
Some IDL programs needed for ULySS are missing: GDL.pro GDLfsc_color.pro error_message.pro fsc_color.pro histoplot.pro mpfit.pro pickcolorname.pro pro2html.pro range.pro.
Versions included in ULySS will be used
-------------------------------------------------------------------------------
checking gettok... configure: WARNING:
-------------------------------------------------------------------------------
ULYSS: A recent version of IDLASTRO is required.
Either you do not have IDLASTRO, or your version is too old.
Some functions, et least GETTOK, are not behaving correctly.
Tips:
Install IDLASTRO from http://idlastro.gsfc.nasa.gov/
-------------------------------------------------------------------------------

configure: creating ./config.status
config.status: creating pgm/uly_startup.pro
configure: removing ./config.status
configure: removing ./config.log
configuration successfully excecuted..."

-------------------------------------------------------------------------------
To use the ULySS package you may either:
- Launch IDL as: idl /pgm/uly_startup.pro
or
- Add in your IDL startup file the line:
@ /tmp/ulyss/pgm/uly_startup.pro
and launch IDL normally.

Read the documentation for practical examples and more information
-------------------------------------------------------------------------------



Τώρα χρειάζεται το IDLASTRO,

Install IDLASTRO from http://idlastro.gsfc.nasa.gov/

Μπορείς να συνεχίσεις από εδώ;

[Tilemachos]

Σε ευχαριστώ πολύ για την απάντηση.
Έκανα αυτό που μου είπες αλλά στο make install μου βγάζει:

Κώδικας: Επιλογή όλων


autoconf # create/update 'configure'
/bin/sh: 1: autoconf: not found
make: *** [configure] Error 127


υ.γ.
Η GDL νομίζω ότι είναι εγκατεστημένη σωστά και έχω τσεκάρει ότι δουλεύει.

[simosx]

autoconf # create/update 'configure'
/bin/sh: 1: autoconf: not found

Εδώ θέλει να εγκατασταθούν τα πακέτα προγραμματισμού. Δοκίμασε

Κώδικας: Επιλογή όλων


sudo apt-get install build-essential

Έπειτα, αν αναφέρει ότι κάτι λείπει (όπως autoconf), μπορείς με

Κώδικας: Επιλογή όλων


apt-cache search autoconf

να δεις τι πακέτα υπάρχουν,
και με

Κώδικας: Επιλογή όλων


sudo apt-get install autoconf

το εγκαθιστάς. Και δοκιμάζεις ξανά.

Πάντως με το sudo apt-get install build-essential θα μπουν τα περισσότερα πακέτα που χρειάζονται.

[Tilemachos]

Πέτυχε! Χρειάστηκε και το autoconf τελικά.
Πριν προχωρήσω στο IDLASTRO (που δεν ξέρω πως να το κάνω απ το λίγο που είδα τη σελίδα).
Να σου πω κάτι άλλο που παρατήρησα και δεν μπορώ να το διορθώσω. Τo start_up και το path file τα έκανε σύμφωνα με αυτό: http://blog.redbranch.net/2011/04/13/in ... ternative/
αλλά όταν τρέχω

Κώδικας: Επιλογή όλων

/usr/share/doc/gnudatalanguage/examples

για να επιβεβαιώσω ότι υπάρχει αυτός ο φάκελος που ορίζω στο start_up μου βγάζει:

Κώδικας: Επιλογή όλων

bash: /usr/share/doc/gnudatalanguage/examples: No such file or directory

Έκανα ξανά επανεγκατάσταση το gnudatalanguage απο Synaptic, αλλά τίποτα. Καμιά ιδέα;

[simosx]

Μπράβο!

bash: /usr/share/doc/gnudatalanguage/examples: No such file or directory

Στο νεότερο πακέτο που έχει το Ubuntu δεν υπάρχει κατάλογος /usr/share/doc/gnudatalanguage/examples
Αυτό που κάνεις είναι να λάβεις αντίγραφο του πηγαίου κώδικα του GDL, και από εκεί να κρατήσεις τον υποκατάλογο examples/
Ρώτησε αν έχεις απορίες.

[Tilemachos]

Στο νεότερο πακέτο που έχει το Ubuntu δεν υπάρχει κατάλογος /usr/share/doc/gnudatalanguage/examples
Αυτό που κάνεις είναι να λάβεις αντίγραφο του πηγαίου κώδικα του GDL, και από εκεί να κρατήσεις τον υποκατάλογο examples/
Ρώτησε αν έχεις απορίες.

Όταν λες το νεότερο πακέτο που έχει το Ubuntu που αναφέρεσαι; Φαντάζομαι όχι στην έκδοση (12.04).

Κατέβασα τον source code από εδώ: http://sourceforge.net/projects/gnudata ... t/download και αν κατάλαβα καλά αυτό που μου λες πρέπει να βρω το path του υποκαταλόγου examples ο οποίος είναι /doc/udg/examples
Παρόλα αυτά δεν υπάρχει αυτό το path στον υπολογιστή μου. Τι μου ξεφεύγει;

Όπως καταλαβαίνεις, έχω πολλά κενά για τα της εγκατάστασης και αν θες πρότεινε μου κάποιο tutorial ή βιβλίο, γιατί διαφορετικά με βλέπω εδώ με ερωτήσεις κάθε λίγο και λιγάκι. Πρέπει να καταλάβω καλύτερα τα ισχύονται γιατί χρειάζομαι και άλλα προγράμματα τέτοιου τύπου που θέλω να εγκαταστήσω (π.χ. chianti spectra) και τα περισσότερα δεν έχουν οδηγίες. Έχω ξανακάνει χειροκίνητη εγκατάσταση (κατευθυνόμενη σε μεγάλο βαθμό) με άλλα προγράμματα αλλά δεν παιδεύτηκα τόσο.

[simosx]

Όταν λες το νεότερο πακέτο που έχει το Ubuntu που αναφέρεσαι; Φαντάζομαι όχι στην έκδοση (12.04).

Κατέβασα τον source code από εδώ: http://sourceforge.net/projects/gnudata ... t/download και αν κατάλαβα καλά αυτό που μου λες πρέπει να βρω το path του υποκαταλόγου examples ο οποίος είναι /doc/udg/examples
Παρόλα αυτά δεν υπάρχει αυτό το path στον υπολογιστή μου. Τι μου ξεφεύγει;

Σε αυτό το πακέτο αναφέρομαι με τον πηγαίο κώδικα. Εκεί μέσα ο υποκατάλογος examples/ είναι στην τοποθεσία gdl-0.9.2/doc/udg/examples/
Υποψιάζομαι ότι είναι το σωστό examples/ οπότε μπορείς να το αποσυμπιέσεις κάπου στο λογαριασμό σου, και να κάνεις αναφορά εκεί για τις εντολές που θέλεις να εκτελέσεις. Δηλαδή, στο πακετάρισμα δεν έβαλαν τα examples/ στο /usr/share/doc/... οπότε εσύ το βρίσκεις από αλλού και το χρησιμοποιείς.

Όπως καταλαβαίνεις, έχω πολλά κενά για τα της εγκατάστασης και αν θες πρότεινε μου κάποιο tutorial ή βιβλίο, γιατί διαφορετικά με βλέπω εδώ με ερωτήσεις κάθε λίγο και λιγάκι. Πρέπει να καταλάβω καλύτερα τα ισχύονται γιατί χρειάζομαι και άλλα προγράμματα τέτοιου τύπου που θέλω να εγκαταστήσω (π.χ. chianti spectra) και τα περισσότερα δεν έχουν οδηγίες. Έχω ξανακάνει χειροκίνητη εγκατάσταση (κατευθυνόμενη σε μεγάλο βαθμό) με άλλα προγράμματα αλλά δεν παιδεύτηκα τόσο.

Εδώ θα χρειαστεί να αναζητήσεις στο διαδίκτυο για οδηγίες. Δεν κατέχω το πρόγραμμα, αν και θα ενδιέφερε να μάθω τι κάνει στην πράξη.
Αν υπάρχει λίστα (mailing list) για τα προγράμματα αυτά μπορείς να γραφτείς.
Με επιμονή, μπορείς πιστεύω ότι θα τα καταφέρεις.

[Tilemachos]

Βασικά, ευχαριστώ και πάλι που ασχολείσαι με τη φάση μου.
Όμως αρχίζω να απογοητεύομαι.
Ας πούμε ότι η gdl είναι οκ (όρισα τα PATH όπως είπαμε) και είμαστε στη φάση να εγκαταστήσουμε τη ulyss.
To make install μας βγάζει:

Κώδικας: Επιλογή όλων

autoconf # create/update 'configure'
./configure
starting configuration for ULySS version 1.1
with options.. none
checking for idl... no
checking for gdl... /usr/bin/gdl
checking checking for GDL.pro... no
checking checking for GDLfsc_color.pro... no
checking checking for error_message.pro... no
checking checking for fsc_color.pro... no
checking checking for histoplot.pro... no
checking checking for mpfit.pro... no
checking checking for pickcolorname.pro... no
checking checking for pro2html.pro... no
checking checking for range.pro... no
configure:
-------------------------------------------------------------------------------
Some IDL programs needed for ULySS are missing: GDL.pro GDLfsc_color.pro error_message.pro fsc_color.pro histoplot.pro mpfit.pro pickcolorname.pro pro2html.pro range.pro.
Versions included in ULySS will be used
-------------------------------------------------------------------------------
checking gettok... configure: WARNING:
-------------------------------------------------------------------------------
ULYSS: A recent version of IDLASTRO is required.
Either you do not have IDLASTRO, or your version is too old.
Some functions, et least GETTOK, are not behaving correctly.
Tips:
Install IDLASTRO from http://idlastro.gsfc.nasa.gov/
-------------------------------------------------------------------------------

configure: creating ./config.status
config.status: creating pgm/uly_startup.pro
configure: removing ./config.status
configure: removing ./config.log
configuration successfully excecuted..."

-------------------------------------------------------------------------------
To use the ULySS package you may either:
- Launch IDL as: idl /pgm/uly_startup.pro
or
- Add in your IDL startup file the line:
@ /home/tilemachos/ulyss/pgm/uly_startup.pro
and launch IDL normally.

Read the documentation for practical examples and more information


Πες μου αν θες τι καταλαβαίνεις από τα παραπάνω. Δοκίμασα διάφορα αλλά ΔΕΝ...

Επίσης στα faq της σελίδας της nasa για το IDLASTRO, λέει:

A2. I haven't purchased an IDL license -- can I still use the Library? Can I use it with PV-WAVE or GDL?
Sorry, the programs in the IDL Astronomy Library will not run without an IDL license. You are welcome to use any of the programs as metacode and convert them to your favorite language.
The GNU Data Language (GDL) is a free IDL compatible incremental compiler. I have not tested most of the IDL Astronomy Library procedures under GDL but READFITS() and WRITEFITS do work.

Δηλαδή το ulyss είναι δηλωμένα για GDL και όταν πάω να το εγκαταστήσω μου ζητάει την IDLASTRO που δεν δουλέυει χωρις IDL licence?

Δεν κατέχω το πρόγραμμα, αν και θα ενδιέφερε να μάθω τι κάνει στην πράξη.

Και το ulyss και το Chianti χρησιμοποιούν φυσικά μοντέλα για να προβλέψουν ατομικά φάσματα τα οποία μπορούν να συγκριθούν με πειραματικά αποτελέσματα και άρα να βγουν διάφορα συμπεράσματα.